【内容提要：红巾军起义摧毁了元朝统治，蒙古势力退回大漠南北，国号仍称大元。史称“北元”。明与北元之间展开了长期战争。洪武、永乐时期，明对蒙古采取积极进攻态势，蒙古在内部分裂和明军打击下，逐渐形成鞑靼、瓦剌、兀良哈等集团。】
红巾军为主力的各族大起义，摧毁了元朝的统治。元至正二十八年（1368年），朱元璋在应天（南京）称帝，建立明朝。同年北伐，夺取中原，会师大都，元顺帝北徙，逃到上都（今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸），继而退至应昌（今辽宁达里泊北），元亡。
明代蒙古族的分布，东自松花江、脑温江（今嫩江）、辽河流域，西至天山、衣烈河（今伊犁河）流域，北抵也儿的失河（今额尔齐斯河）、谦河（今叶尼塞河），南临明朝北部防线，还有几十万蒙古族居住在内地、西北和南方一些省。
自元顺帝北逃至1402年非元室后裔的鬼赤力篡位，国号仍称“大元”，史称这段时间漠北的蒙古政权为“北元”。此后，蒙古诸部仍延续北元法统，直到1635年。
由于战争与内部政治演变，明代蒙古逐渐成为各自为政的几个集团，主要有鞑靼、瓦剌、兀良哈三卫、西北诸卫、察合台后王等。
鞑靼是明人对东部蒙古的称呼，游牧于漠北、漠南，由大汗直接统治的各部和拥护大汗的属部组成，首领为元皇室后裔，被视为蒙古正统。
瓦剌即成吉思汗时代的斡亦剌（外剌），明末亦称卫拉特，游牧于漠西，故称西蒙古。
兀良哈三卫是朵颜、福余、泰宁三卫总称。
兀良哈原是元朝大宁路北境。明建立后，朱元璋把锦州、义州、剑州、利州划归辽东都司管辖，于大宁路设北平行都司，领兴、营等二十余卫所。洪武二十年（1387年）冯胜、蓝玉平定金山纳哈出，以兀良哈地安置纳哈出部众。洪武二十二年（1389年）置泰宁、朵颜、福余三卫指挥使司，后来，朱棣因靖难之役三卫中兀良哈骑兵从战有功，把大宁地予兀良哈，仍为三卫。“命脱儿火察为左军都督府都督佥事，哈儿兀歹为都指挥同知，掌朵颜卫事；安出及土不申俱为都指挥佥事，掌福余卫事；忽剌班胡为都指挥佥事，掌泰宁卫事；余三百五十七人，各授指挥、千百户等官。”（《明史·朵颜传》卷三百二十八）并与广宁等地进行互市贸易。
西北诸卫是在哈密、赤斤蒙古、沙州、安定等西北卫所的蒙古族。兀良哈三卫和西北诸卫是明政府任命的羁縻卫所。
察合台后王统治下的蒙古族分布在天山南北，明代称为土鲁番和别失八里。歪歪汗时，别失八里迁至伊犁盆地，称亦力把里。
1368年-1402年北元时期，北元皇室经历了七位皇帝（汗）。
元顺帝北逃，仍保留元朝国号。随元顺帝北逃的只是留于大都的部分贵族，大部分驻守于外的元朝官员仍拥有兵力。在辽东地区，故元太尉纳哈出指挥下有二十万蒙古军士，在山西、陕西、甘肃一带，有故元河南王扩廓帖木儿（王保保）属下的十万蒙古军盘踞，在云南有元宗室梁王巴匝剌瓦尔密的驻军十万人。他们都在各自辖地策应元顺帝。
1368年冬，扩廓帖木儿率军自山西趋大都，欲夺取大都，被明将徐达袭取太原，扩廓帖木儿回师救援，被徐达袭破大营、折兵四万，扩廓帖木耳逃至甘肃。
洪武二年（1369年）徐达大破扩廓帖木耳于沈儿峪（今甘肃定西县东南宁远乡道口沟），擒获北元文武僚属一千八百六十余人，扩廓帖木儿仅挟妻、子数人逃至和林。
洪武三年（1370年），元顺帝死于应昌，六月，明将李文忠攻下应昌，元顺帝孙买的里八剌及后妃、诸王、官吏多人被俘获，子爱酋识理达腊仅率数百骑北逃和林（今蒙古国哈尔和林），与扩廓帖木儿会合，在和林登皇帝位，称必力克图汗，年号宣光，为北元惠宗。
朱元璋对北元势力采取怀柔政策，“封买的里八剌为崇礼侯，谥元主曰顺帝。”“于是故元诸将江文清等、王子失笃儿等，先后归附。独王保保拥太子爱猷识理达腊居和林，屡诏谕之，不从。”（《明史·鞑靼传》卷三二十七）
1378年爱酋识理达腊死，子脱古思帖木儿继立，称乌莎哈尔汗，年号天元，为北元益宗。
脱古思帖木儿不断骚扰北边，明军连续北伐，打击残元势力。此时，扩廓帖木耳已死，惟故元太尉纳哈出尚拥兵二十万雄踞金山（今内蒙古哲里木盟东境西辽河南岸），云南梁王巴匝剌瓦尔密拥兵数十万。
1381年七月，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英副之，远征云南。巴匝剌瓦尔密兵败后见大势已去，遂全家自尽，云南平定。
1387年，朱元璋以冯胜为大将军，与傅友德、蓝玉率兵二十万出征东北，进逼金山，纳哈出接受明招降，被封为海西王。
1388年春，明将蓝玉率军十五万深入蒙古腹地，破脱古思帖木儿于捕鱼儿海（贝尔湖），脱古思帖木儿次子地保奴等七万人被俘，脱古思帖木儿率太子天保奴及军士数十人逃至土剌河（今土拉河），被部将也速迭儿杀死。
脱古思帖木儿死后，蒙古内部分裂加剧，最后形成东西两大势力。
也速迭儿是忽必烈弟阿里不哥后裔。也速迭儿杀死脱古思帖木儿后，夺走元传国玉玺，自立为汗，号卓里克图汗。蒙古汗位从忽必烈系转移到阿里不哥系。
也速迭儿将汗廷设在卫拉特（瓦剌）、乞儿吉思。由于阿里不哥系诸后裔世代居住在草原，他们执政使蒙古政权的汉文化迅速衰退，蒙古大汗从此无汉文年号和庙号。北元知院捏怯来、丞相失烈门，万般无奈之中，南下投降，明朝多数蒙古部落宣布脱离其而独立，北元陷入分裂。
至洪武二十四年（1391年）秋，北元丞相咬住、太尉乃而不花、知院阿鲁帖木儿等战败投降明军，北元势力基本被明军瓦解。辽东、漠南、甘肃、哈密、云南等地区均处于明朝统治之下。
1391年，也速迭儿死，子恩克承袭蒙古可汗，称恩克卓里克图汗。1394年，恩克卓里克图汗在内乱中被杀，瓦剌与东蒙古正统派达成妥协，拥立脱古思帖木儿次子额勒伯克为大汗，号“尼古哷苏克齐汗”。
额勒伯克汗昏聩不仁，在位五年毫无作为，残忍好色，1399年被瓦剌领主乌格齐哈什哈举兵弑杀，额勒伯克的儿子本雅失里逃往中亚帖木儿帝国避难。
1399年，朱棣经过靖难之役，夺取明朝皇位。他用毕生精力处理于鞑靼、瓦剌的关系。先后发动五次亲征，又将首都从南京迁至北平，目的都是为了防御和打击蒙古势力。
额勒伯克汗死后，乌格齐哈什哈拥阿里不哥后裔坤帖木儿继承汗位。蒙古高原诸部落暂时处于瓦剌部的统治之下。
1402年，额勒伯克汗的丞相巴图拉（马哈木）兴兵消灭乌格齐哈什哈，杀掉坤帖木儿。脱古思帖木儿旧部阿鲁台等乘机与瓦剌决裂，拥立窝阔台庶子合丹后裔鬼力赤为大汗，“称可汗，去国号，遂称鞑靼云。”（《明史·鞑靼传》卷三二十七）明人自此称东部蒙古为鞑靼。
西部蒙古为瓦剌。瓦剌在故元强臣猛可帖木儿主持下崛起。 猛可帖木儿死后，瓦剌部“众分为三，其渠曰马哈木，曰太平，曰把秃孛罗。”（《明史·瓦剌传》卷三二十八）
“鬼力赤与瓦剌相仇杀，数往来塞下。”永乐三年（1405年），阿鲁台杀鬼力赤，迎额勒伯克汗的之子本雅失里于别失八里，立为可汗。
永乐六年（1408年）春，明成祖以书谕本雅失里，意图招抚。本雅失里不做响应。永乐七年（1409年），明成祖派给事中郭骥出使鞑靼，结果郭骥被杀，明成祖派淇国公丘福等五将军征讨本雅失里，丘福轻敌中计，全军覆没于胪朐河（今克鲁伦河）。
永乐八年（1410年），明成祖亲率大军五十万，首次亲征，出塞鞑靼，至斡难河，“本雅失里弃辎重孳畜，以七骑遁。”（《明史·鞑靼传》卷三二十七）鞑靼经此一役，“众溃散”，其“君臣始各为部”，阿鲁台于年冬向明朝贡马匹臣服。
永乐十年，本雅失里被瓦剌部马哈木所攻杀。瓦剌希望明朝翦除阿鲁台。但明政府不希望瓦剌过于强大，又扶植阿鲁台。永乐十一年（1413年），封阿鲁台为和宁王。这样，鞑靼部全由阿鲁台所统帅，一直受明朝中央政府管辖。
马哈木率兵至胪朐河（明成祖命名为饮马河），声言出击阿鲁台。永乐十二年（1414年），明成祖第二次亲征漠北，进攻瓦剌，双方大战于土剌河（今土拉河）忽兰忽失温（今乌兰巴托东），明以“神机铳炮”大败瓦剌。
永乐十九年（1421年），鞑靼部“生聚蕃富，遂桀骜”，又数起兵骚扰明北边。明成祖遂于永乐二十年、二十一年、二十二年三次亲征鞑靼，予以沉重打击，但并未取得重大战果，成祖本人也在最后一次回师途中病逝于榆木川（今内蒙古多伦县故开平城西北）。
瓦剌趁明成祖打击鞑靼部之机，又数败其众，鞑靼部曲离散，阿鲁台也为瓦剌脱欢所袭杀。
明初，瓦剌部主要活动于科布多河流域。猛可帖木儿死后，瓦剌部众分为三。鞑靼内部纷争时，瓦剌逐渐吞并周围小部落，势力因之强大起来。
成祖即位后即派使臣告谕瓦剌部。永乐六年（1408年），瓦剌部马哈木向明朝政府贡马请封。永乐七年（1409年），“封马哈木为特进金紫光禄大夫、顺宁王；太平为特进金紫光禄大夫、贤义王；把秃孛罗为特进金紫光禄大夫、安乐王。”（《明史·瓦剌传》卷三百二十八）
永乐十年（1411年），马哈木攻杀本雅失里，势力开始壮大，对明朝提出了不少要求。明成祖曰：“瓦剌骄矣，然不足较。”结果瓦剌不仅扣留明使者，又发兵饮马河，准备犯边，袭击阿鲁台。永乐十二年（1413年），明成祖亲征，驻跸忽兰忽失温（今蒙古国乌兰巴托），瓦剌三部聚众来战，马哈木战败身遁，明军追击至土剌河（今蒙古国境内图拉河）。十三年春，马哈木等贡马谢罪，且还前所留使，词卑。明成祖再谓“瓦剌故不足较。”受其献，馆其使者。不久马哈木死去。
瓦剌三部，贤义王太平、安乐王把秃孛罗均与明中央政府交好，故明政府遣使安抚。畔服不定的是顺宁王。经此一役，瓦剌终永乐时期，一直受明政府管辖。永乐十六年（1417年），马哈木子脱欢请袭马哈木顺宁王的封爵，明成祖顺利封其为顺宁王。
宣德九年（1434年），脱欢攻杀阿鲁台，悉收其部。阿鲁台子阿卜只俺及其孙妻速木答思等内附于明。正统元年（1436年），脱欢又攻杀贤义、安乐两王，尽有其众，统一了瓦剌各部。
脱欢欲自称可汗，但不服众，便改立元裔脱脱不花为可汗，以先所并阿鲁台众归之，称岱总汗。脱欢自为丞相，居漠北，胁迫朵颜诸卫窥伺塞下。
正统四年（1439年），脱欢死，其子也先嗣。也先称太师淮王。蒙古诸部皆服属也先，脱脱不花徒具空名，不能制约也先。
也先继续扩张，西北方向，攻破哈密，败察合台后王，控制哈密、沙州、赤斤蒙古等西北诸卫。东北方向，征服兀良哈三卫，兵锋及于女真地区。此时，明“边将知必大为寇，屡疏闻，止敕戒防御而已。”明英宗时期，由于皇帝昏庸无能，宦官当权，导致形势急剧恶化。
正统十四年（1449年）七月，也先“遂诱胁诸番，分道大举入寇。脱脱不花以兀良哈寇辽东，阿剌知院寇宣府（今河北宣化），围赤城，又遣别骑寇甘州（今甘肃张掖），也先自寇大同。”（《明史·瓦剌传》卷三百二十八）明九边告急。
在太监王振的挟持下，明英宗仓促率兵亲征，至土木堡（今河北怀来县东），被也先包围，明英宗被俘，此为“土木堡之变”。继之，也先率军直抵北京城下，明军在于谦带领下坚决抵御，也先不能胜，遂北还。
土木堡之变是明朝由盛而衰的转折点，也是明朝和蒙古关系的重大转折点。明从洪武、永乐时期的进攻态势转入全面防御，加强辽东、蓟州、宣府、大同、延绥、固原、太原、宁夏、甘肃九边（亦称九镇）建设，修筑诸边长城和边墙。正统以后，“终明之世，边防甚重。东起鸭绿，西抵嘉峪，绵亘万里，分地守御。”（《明史·兵志·边防》卷九十一）
脱脱不花具可汗名而已，自然于心不满。明也有心以脱脱不花制衡也先，“脱脱不花岁来朝贡，天子皆厚报之，比诸蕃有加，书称之曰达达可汗，”也先怀疑脱脱不花与明廷暗通，于己不利，遂治兵相攻。景泰二年（1451年），也先攻破脱脱不花，追杀之。四年（1453年），也先自立为汗，称“大元田盛大可汗”。“田盛”，犹言天圣。明复信称其为“瓦剌可汗”。
也先恃强，日益骄横，荒于酒色。景泰六年（1455年），阿剌知院攻杀也先，鞑靼部孛来复杀阿剌，夺也先母妻并其玉玺。也先诸子，火儿忽答等徙居干赶河，弟伯都王、侄兀忽纳等逃往哈密，依附于哈密王。伯都王是哈密王母之弟，英宗复辟后，哈密为之请封，英宗诏授伯都王都督佥事，兀忽纳指挥佥事。
也先死后，瓦剌部衰败，部属分散，其承袭代次自此不可考。
明英宗复辟后。天顺年间，瓦剌阿失帖木儿多次遣使入贡，明朝廷以其为也先孙，对其厚赐。明孝宗弘治年间，瓦剌中有火儿忽力、火儿古倒温，为太师，皆遣使朝贡。其时土鲁番据哈密，火儿忽力、火儿古倒温两部还协助明军攻击土鲁番。嘉靖九年（1530年），瓦剌连遭土鲁番、哈密攻击侵掠，所部自残不已，其部长卜六王不支，亦求内附。明廷未答应，遣出关，不知所终。
孛来攻杀阿剌知院后，拥立脱脱不花子麻儿可儿为可汗，即因其年幼，故号小王子。自此，相沿成习，蒙古可汗常被称为小王子。鞑靼之势复振。
但鞑靼内部依然各方势力割据，相互之间不断进行战争。同时，孛来还随时与明发生争战。其后，麻儿可儿与孛来相仇杀。麻儿可儿死，马古可儿吉思继立，亦号“小王子”。从此，鞑靼各部割据日益明显。小王子与明廷的通贡关系也稀疏下来，因而在明朝文献中，其传代世次，常常缺乏记载。
明宪宗成化元年（1465年），孛来与小王子、毛里孩等先后进入河套，抄掠延绥、平凉、灵州、固原及大同等地。早先，鞑靼劫掠明边，或在辽东、宣府、大同，或在宁夏、庄浪、甘肃，大多去来无常，为患不久。但到英宗天顺年间，“有阿罗出者，率属潜入河套居之”，从此，孛来与小王子、毛里孩等部先后来到河套。
河套，指今内蒙古、宁夏境内贺兰山以东、狼山和大青山南、黄河沿岸地区。河套周围三面阻黄河，土质肥沃，水草丰美，宜耕宜牧。鞑靼自占领河套后，于当地驻扎下来，从此，河套成为其骚扰内地的主要基地，“套寇”就成为明朝中期以后的主要边患。
此后，鞑靼内部相攻不断。孛来杀马可古儿吉思，毛里孩（翁牛特部首领）杀孛来，重新立可汗。斡罗出又与毛里孩相仇杀，毛里孩再杀其所立可汗，逐斡罗出，遣使向明入贡。不久又渡河侵掠大同。明军征讨之，又乞通贡。如此反复，而别部长孛鲁乃亦遣人来朝。明宪宗允许其入贡，又令抚宁侯朱永驻军塞上。
成化六年（1470年），又有孛鲁乃、斡罗出联合别部癿加思兰、孛罗忽入据河套，作久居打算。他们“无岁不深入，杀掠人畜至数千百万”。
成化七年，毛里孩、孛鲁乃、斡罗出稍衰，脱脱不花异母弟满都鲁入河套称可汗，癿加思兰为太师。成化九年（1473年）秋，满都鲁等与孛罗忽（达延汗之父，黄金家族后裔）寇韦州。被大同巡抚王越率游击许宁、周玉轻骑抄其老巢，复邀击于韦州。满都鲁等败归，这样河套一带才安宁下来，边患少弭。不过好景不长，河套一带的蒙古各部，“敌去辄复来，迄成化末无宁岁。”