和Steam上绝大部分传统游戏不同，沙盒游戏《方舟：生存进化》的剧情并不是一上线就被规定好的，而是根据DLC来慢慢推动的。而随着《方舟：生存进化》的DLC不断更新，一条惊天的故事线开始出现在了我们的眼前。
玩家在一开始的时候会在一座孤岛醒来，这个时候的玩家一头雾水，只能跟随着自己的想法慢慢的升级，掌握《方舟：生存进化》中出现的各种高科技，在这个过程中玩家能接触到澳大利亚科学家海伦娜的笔记，对这个世界有一定的了解。当玩家的科技达到一定水准时，玩家便可以挑战《方舟：生存进化》的BOSS，看到《方舟：生存进化》的真正面貌。
在飞升动画中我们可以看见，原来我们玩的《方舟：生存进化》孤岛地图并不是在地球上，而是在太空中漂浮着，除了孤岛之外还有几座浮空岛屿，要是没猜错的话，那应该是“焦土”、“畸变”DLC所发生的场景。
后来，《方舟：生存进化》“灭绝”DLC被推出了，在这个DLC中，我们能够回到地球，探寻这里到底发生了什么故事。到了地球上我们才知道，原来未来地球人滥用泰克科技，导致元素鼠疫席卷全球，而此时的元素鼠疫已经化作了泰坦之王，玩家必须打败它才能解决灭绝危机。
到目前为止，《方舟：生存进化》更新到了创世DLC的第一部分，在这个部分里人类已经打败了“灭绝”里面的泰坦，然而故事并没有就这样结束，由克隆人罗克韦尔带来的危机可能更加危险，这就要看《方舟：生存进化》创世DLC第二部分会讲述什么故事了。