五大忍村是忍者世界明面上的最强势力，少有能与之媲美的势力，但是在风云变幻的地下世界世界中，一切皆有可能，有些只能放放高利贷和收收保护费，但有些势力甚至能够不弱于五大忍村。
换金所
无论是多么强悍的存在，都需要一定的金钱作为支撑，而换金所就是黑暗世界中掌管经济命脉的强大组织，这个能够对忍村上忍进行悬赏的组织有着莫名的威力，五大忍村和晓似乎都没有将其彻底粉碎的能力。
晓组织
地下世界最强组织，组织成员很少但均是精英，多数成员都具有媲美五影的强大实力，组织由弥彦、长门小南建立， 历经三任领袖，不断完成任务积累金钱，同时收集所有尾兽并与整个忍界对抗。
根部
木叶村的黑暗势力，这个归属于木叶暗部的组织曾经是为了培训暗部而存在，因此有着苛刻的训练制度，部门内强者众多，在团藏的带领下曾经多次暗中参与到忍者世界的纠葛中，是一切为了木叶的地下组织。
邪神教
在战争不断的忍者世界中，邪神教逐渐发展壮大起来，虽然仅在汤忍村形成规模，但是据说有很多信徒愿意为邪神效命，这个代表杀戮的组织非常神秘，至始至终仅有一个信徒登场，但能力极为特殊，是纯粹的地下组织。
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