福建地处我国东南沿海，物产富饶，海洋资源丰富，有比较方便的航海条件。福建对外贸易在古代也是比较发达，但自明中期有倭寇祸乱，福建的对外贸易受很大影响，而海疆军事地位的重要性却日益凸显，明末葡萄牙、西班牙、荷兰殖民者接踵而至，不断骚扰，后经历海禁，又设置水师，剿水寇，御外患；清代沿袭明代，并推进了水师的建设。福建水师是清王朝水师的主要力量。在清王朝康熙年间的水师复建中，林贤是一位非常重要的将领，他受水师复建的首任提督万正色的器重，后来又受有专征之权的水师提督施琅的赏识，长时间在福建水师中任要职，经历过多次海战，屡立战功，镇守沿海最重要的还将阵地海坛，他是福建水师中很有指挥能力和实战经验的非常重要总兵官。
清王朝在福建建设水师是有其特定背景的，清兵入关后，进北京，越长江，灭南明，强势南进，然而，东南郑氏集团坚持树着反清旗帜，一直是清初统治者的心腹大患，为平息东南之乱，顺治帝采取剿抚并用政策。顺治三年，降清的名将洪承畴诱降郑芝龙，为平定东南迈进了一大步，但是，郑芝龙之子郑成功又树帜反清，且于顺治十五年，挥师北进，进攻南京，虽因种种原因败还，但郑氏集团仍以金、厦为基地经常攻扰泉、漳等地，清廷很被动、无奈。顺治帝命明降将尚可喜和耿仲明父子镇守闽粤，对抗郑氏集团。康熙帝继位后，平了“三藩之乱”，重置闽、粤两地驻防，厉行海禁和迁界，实施海防全面封锁。同时，着力推动招降政策，以显官厚赏瓦解郑氏军队。清廷在与郑氏集团的对抗中逐渐地建立起福建水师。而在水师恢复建制的过程中，林贤作出了重要贡献，也屡次升职，是福建水师屈指可数的重要将领之一。
一、战火中恢复建置建福建水师，林贤战无不胜，战功卓著
福建水师的创建是一个过程，从顺治朝至康熙朝前期，是筹划建立期；从康熙中后期到雍正朝是水师扩展期；到乾隆朝时进入完善阶段。清军水师建设耗时百年，一步步强大起来，当然，到了慈禧太后主政的后期，清水师又衰落了。顺治朝时，入关后的清军利用明降将，筹备水军，到康熙朝早期，已经能组织其水师战船与郑氏集团作战，但当时是败多胜少。顺治七年，在汀州镇和泉州镇设置总兵官，下置游击守备；到康熙元年，设福建水师提督，置中、前、后、左、右五个标营，另有1个协、2个协营、2个分防营，总兵力8544人。当时的水师驻防，以泉州、漳浦、福宁互为犄角，而提督居中节镇。同时，又设同安镇、兴化镇、左右路总兵官为补充。可惜后来撤了水师提督，康熙十七年(1678)又恢复水师提督，在之后几年的平澎、台战斗中，水师发展很快。到了雍正朝，广置水师，添加舰船，战斗力大为加强；再到乾隆朝前期，水师的后勤保障和相应制度进一步得到完善。比如，在营房建设上，当时闽浙总督郝玉麟在题本中提到，乾隆二十七年“闽安水师协右营按左营标准新建兵房500间”（参看《隆二十七年九月初八兼管兵部事务大学士来保题本》），营房规模已经不小了。在军需方面，当时已在厦门设有制造火药、军械、火炮和船只的工厂，造抬枪、火绳枪、大刀、盾牌和各式各样的长矛。
福建水师船只
康熙九年（1670年），靖南王耿继茂联合福建总督刘兆麒、提督王进功上疏陈恢复福建水师设置事，议政王大臣会议定调一总兵官到闽安镇负责训练水兵，修缮船只。耿精忠叛乱时，郑军攻闽很频繁，当时的福建总督郎廷相建议恢复福建水师设置，兵部认为虽撤去水师提督，但水师没有载去，可原额充水师，归福建提督管理，皇帝批准此议。后来，吴兴祚任福建巡抚后，招募水师一万二千余名，林贤、黄镐、杨嘉瑞等被授予总兵职衔，管理水师。有一种说法认为，林贤归顺清朝后，考虑到东南一带的各种不安定因素，思考着建立水师的问题，他主动驾船往福州面见福建巡抚吴兴祚，力陈设立水师之重要性，后来，吴兴祚认为林贤夙娴水性、熟通兵事，堪当大任，就上书康亲王请设水师，委任林贤为福建援剿水师总兵官。不管这一说法是否真实，但在吴兴祚任福建巡抚后，扩大水师，林贤被授予总兵职衔，应该是真实的，这表明，林贤是福建水师复建时的重要将领，是福建水师中老资格的总兵官。
林贤，字克希，号尊一，生于明崇祯五年(1632年)九月，卒于康熙二十六年(1687年)六月。林贤祖籍晋江马平霞殿，其曾祖得所携其父茂田移居南安兜率乡。林贤少时读书学剑，未弱冠身材魁梧，年轻时出海以贸易为生，继而投身于靖南王耿精忠，耿精忠叛变，林贤归顺清朝。藩乱时期，郑军频犯泉、漳，林贤当时已是清军水师的重要将领。
康熙十七年(1678年)春，郑经与“朱三太子”蔡寅的人马遥相呼应，派兵攻取福建沿海地区，郑军猛将刘国轩率军于六月攻克海澄，清军伤亡惨重，退守漳州。刘国轩乘胜北上，水陆并进，攻克同安后又围困泉州，同时还派兵侵犯南安、德化、安溪、惠安、永春等地，郑军还有另一支部队占领长泰和漳平，情势危急。刘国轩围住泉州猛攻，七月，清军各处援兵渐渐靠近泉州，宁海将军喇哈达领兵来援，安溪李光地训练乡勇出同安为向导；巡抚吴兴祚领兵由仙游出永春；提督杨捷带兵由兴化下惠安，陆上诸路清军与刘国轩对垒相持。在此关键时刻，林贤与黄镐等领舟师出闽安镇，以水军来救援泉州，刘国轩见清军水陆夹攻，泉州城内外呼应，深怕分兵抵抗无力支撑，就撤泉州围兵，往长泰而去，泉州之围解除。
同年八月，林贤又打了一个漂亮的海战，他出其不意地率领舟师攻打定海。当时，林贤从情报中得知，守定海的郑军水师停泊在赤澳黄崎处，他预料郑军水师必会出北茭头以占领上风，林贤便让总兵黄镐带领副将辛启佑等领兵由桥仔澳、竿塘水洋出发，以堵截郑军水师退路；同时，他派闽安左营游击徐德济带领千总陈春等领兵进攻郑军水师的中腰处，又派本标中副将许英等人领兵从侧面包抄郑军。郑军定海守将萧琛得知林贤率军来攻，急令诸将商议御敌之策。郑军水师五镇章元勋主张先发制人。他认为，如引兵御敌，而林贤领兵顺风直下，必震动厦门，届时将难辞其咎，不如乘其尚未出港，先发制人，领兵主动进攻，更是上策。定海主帅萧琛和众将不同意章的意见，认为林贤舟师与陆上军队相呼应，且乘上风而下，来势凶猛，应当避之，不该迎击。章元勋表面服从，心底却鄙视萧琛怯敌避战，他私率所辖战舰，乘五鼓潮起，扬帆直击闽安港。林贤得知港口出现郑军水师，随即率领本船领旗都司林正春等，催督三股战船乘潮落冲出。章元勋挥船与战，两军炮矢对打，战斗十分激烈，清军奋勇夹攻，战船齐力拼杀，郑军寡不敌众，渐渐溃退。林贤见敌败退，率领清军水师乘胜追击，攻敌至定海，大败定海守军，随后收复定海。章元勋所部将士多数被杀，郑军定海主将萧琛等冒死逃脱，林贤率领清军水师焚沉敌船大小四十余只，缴获敌船二十余只，杀敌六千余人，活擒敌首总兵副将六员、兵士二百三十三名等，大获全胜。而且，溃逃的萧琛谎报军情，称清军水师主力已从福州攻来，郑经担心厦门失陷，急令刘国轩率军退守厦门，又命陈谅、陈启明、朱天贵等率军往海山阻击林贤。
福建水师
同年九月，林贤会同总兵何应元乘胜追剿郑军。林贤等率兵驾驶轻快双篷船直抵三沙、风火门、沙埕港等地，追剿那里的郑军。在林贤等指挥下，守备陈应昌在福宁三沙、风火门与郑军激战，擒获宿镇下参将王亮、游击朱尚、都司朱相等；守备陈大捷、何春立、周谢显在风火门遭遇郑军，郑军骁翼营将林兴率杨自名等，献出大量刀枪、旗帜等投降；守备陈春晖、把总吴玉、林发在沙埕等岛遭遇郑军宿营副总兵陈起万等，陈春晖等奋命拼杀，焚烧陈起万坐船一只、赶缯双篷舶九只，贼官兵溺水者不计其数；同知陈子威在沙埕遭遇郑军水师战船二十余艘，经过战斗，擒郑军水师三镇林日惠标下副将林麟，缴获赶缯船一只，大炮三门，铜百子炮三门方”。此外，陈子烕督率乡勇直抵三都、长腰、白马门、濑屿等处，剿灭郑军吴朝纲和林十巢穴，得获伪镇萧琛营下小赶缯船一只，杀敌数十，活擒敌三名。（参看杨捷：《飞报出洋等事疏》，《平闽纪》卷一)可见，在康熙十七年的战役中，林贤率领的水师所向披靡，战无不胜，战功显著，充分表现了他熟练的水战指挥才能，他是当时福建水师中不可缺少的重要将领。
二、平台筹划中恢复水师提督建制，林贤升任福建水师海坛总兵官
康熙十六年（1627年），清廷平定“三藩之乱”后，收复澎、台已提上议事日程，康熙帝认为平台时机已成熟。当时，朝廷任命江南提督杨捷为福建全省水陆提督，而时任福建总督的姚启圣认为，如果是和平时期，一人兼任水陆提督是完全可以的，但面对郑军水师，一人兼管水、路两军，不妥当，建议将水师独立，所以，他给康熙上了一道奏折，建议恢复水师提督建制。实际上这位总督是在为攻台作准备。姚启圣的奏折被康熙批准，康熙十七年正式恢复水师提督，康熙帝令总督姚启圣、巡抚吴兴祚和提督杨捷合议水师提督人选，吴、杨让姚做主，但是，福建当时找不到“廉勇优长、威名素著、深识水性、谙练才能”的合适人选，姚启圣举荐内大臣施琅任水师提督，但朝廷没批准，而是调镇海将军王之鼎入闽为福建水师提督，王之鼎不敢抗旨，即刻入闽，但他入闽后屡次上疏言不识水性，没有去上任，后来，朝廷准他改任四川提督，由万正色任福建水师提督。万正色当时是湖南岳州水师总兵官，他降清前曾随明将颜之勋去过台湾，对台湾天文地理较为熟悉，姚启圣认为他是比较合适的人选。万正色于康熙十八年（1679年）5月成为康熙年间恢复水师提督建制后的首任福建水师提督。
据《泉州府志》记载，万正色是泉州浔美村人。关于他还有一个有趣的传说。据说，万正色身材高大，在军中被选为掌旗官。有一次，开战前每一士兵均分到一新布鞋，贫苦出身的万正色舍不得穿，系鞋于腰带上，开战后，万正色所在部队战败了，节节后退，这时，万正色发现系在腰间的鞋丢了一只，他舍不得，扛着大旗调转头去，想找回鞋子，这时，士兵们见大旗掉头，以为来了援军，转退为攻，就一起杀回去，敌军见对方战旗领兵猛攻而来，匆忙而逃。于是，有了万正色“掉旗找鞋，转败为胜”的故事。万正色上任为水师提督，当然也就由他来调兵遣将。当时，福建水师的编制有：提督直属的中营、左营、右营、前营、后营，各营均设游击、守备；还有漳浦镇、福宁镇、漳州镇等，均有左营、右营、中营，镇均设总兵官，各营设游击、守备。值得注意的是，在万正色上任的第二年，即康熙十九年（1680年），福建水师又增设了海坛镇和金门镇，两镇皆设有总兵官，镇下设左、中、右三营，各营设游击、守备。据说，金门、海坛总兵衙署规模很大，装修豪华，而位于海澄的提督署更宏大，有资料记载了水师提督署：“中为正堂，东西廊为本稿诸房，前为露台、甬道、仪门，大门外为鼓吹亭、辕门。辕门外为将裨官厅。正堂后为穿堂、内署，又后为 同来别墅，东为夹道，道东为幕厅，内为司厅，外为射圃。西为大道、厅事房，又有足观堂、澄心堂、八风亭、方池、怪石诸名胜。最后有亭，为城中最高之处。”（参看同治朝《泉州府志》）此外，在海坛、金门两镇还建有教场，设有水操台等。林贤后来被任命为海坛总兵，镇守海坛这十分重要的水师基地。
万正色上任后即准备上疏推荐林贤、陈龙、黄镐、杨嘉瑞为水师左右前后四镇总兵，以何应元、吴孕骥补提标前后营游击。但是，对此当时兼管水师事务的康亲王起先并不同意，万正色据理力争，认为，“若各授予总镇实职，彼事惬意中，荣出以外，感恩既至，报德难忘，同心协意，何攻不克哉。”（万正色：《师中纪绩》）康亲王听后觉得有理，便与万正色一起上疏。康熙帝下旨：林贤授为署守备，充福建援剿左镇总兵官；陈龙仍为署参将，充福建援剿右镇总兵官；黄镐授为署守备，充福建援剿前镇总兵官；杨嘉瑞仍以都司佥书，充福建援剿后镇总兵官。有此正式任命，万正色便带领林贤等在定海举行祭江典礼，并开始操练水师。这时，林贤等四人已成为水师提督属下的重要将领，而林贤是排位最前面的总兵官。
康熙十八年（1679年），在闽军政要员商议平台事宜，有一种意见认为应请荷兰人帮助进攻郑氏集团，对此，水师提督万正色和总兵林贤坚决反对。第二年年初，军政要员们又商讨平台战略，当时，在进攻台湾的时机和方式上，总督姚启圣、陆军提督杨捷与巡抚吴兴祚、水师提督万正色意见不和，分歧挺大。姚启圣和杨捷坚决认为，进攻金、厦必须十分慎重，在水师尚不完备的的情况下，争取荷兰人帮助甚为重要；而吴兴祚和万正色却认为，现有水师力量足以荡平金、厦海域的郑军，不能请荷兰人相助，林贤支持这一看法。督、抚意见难以统一，巡抚吴兴祚单独上奏，力陈进攻海坛的可行性，请旨进攻。康熙帝下旨：“进剿海贼一事，吴兴祚、万正色会同定议，志靖海氛；不俟荷兰舟师乘机进取，正色水师先行出洋，兴祚率陆兵声援驱逐。”（参看《康熙统一台湾档案史料选辑》第207页）平台战略的争论因皇帝定调而结束了，正月，万正色率林贤等四大将领，从闽安镇发兵，出征海坛，吴兴祚等率陆师进攻郑军把守的海沧、松屿石浔、浔尾等地，与水师的行动相互配合。
万正色督领林贤、陈龙、黄镐、杨嘉瑞等人率水师首先进攻海坛。万正色、林贤巧使反间计，利用郑军海坛守将朱天贵的叔父朱炳坤来刺探军情时，故意传给他清军准备进攻的消息，郑经知道后急令刘国轩调林升、江胜出厦门，令林升为水师总督，督促江盛、陈谅、朱天贵、萧武等北上迎敌。二月初二，林贤等率清军水师出发，扬言要由浒屿门直取湄洲澳，朱天贵得知后急忙派兵来拦截，林贤等率水师至南茭，突然转舵，大小船只齐聚浒屿门，各船首尾相连，船队午后直达海坛，朱天贵仓促应战，这时，万正色领林贤、黄镐等冲进海坛港口与郑军水师提督林升的船队激战，双方未分胜负。这时，朱天贵率所部从旁冲入，打沉清军两艘大船，清军水师陷入被动。林贤见敌兵来势猖獗，率本标巨舰三艘，转到上流，乘风顺势冲杀，万正色督诸船回头合击，清军转被动为主动，朱天贵、林升率郑军遁出外洋，清军乘机收复海坛岛。林升见海坛失守，欲率剩余船队去围头寄泊，但吴兴祚已率清军封锁海岸，郑军水师无处靠岸，林升被迫将水师撤至金门料罗湾停泊。
林升率船队退入料罗湾的消息传到厦门，郑经和他属下部将均以为林升率领的水师已战败，郑氏集团文武官员人心慌乱，郑经急忙传令刘国轩，命其放弃海澄，回守厦门。刘国轩接令后率军出发，独留陈昌镇守谢村、鼓浪屿。这时，陈昌觉得厦门也难保了，便派人密会姚启圣，表示将献城降清。姚启圣随即会同喇哈达，统领满汉骑步分道进军厦门。刘国轩得到消息，急忙加快速度，连夜退守厦门。清军乘机追杀，收复了陈洲、玉洲、石码，观音山、展旗寨、太平寨、水头等19寨，海澄县城守将康腾龙献城投降，清军各路军集结海澄，并对厦门形成合围之势。厦门城内官兵陷入混乱，郑经急忙收拾辎重珍宝，率领文武大员及残余部队逃到台湾。喇哈达、姚启圣率军收复厦门，遂即联络吴兴祚、万正色，请其乘郑军大败迅速出师收复沿海诸岛。
郑军水师统帅林升撤至金门后得知海澄失守，令手下诸将收拾船只准备东归，他自己却秘密潜回澎湖。后来，吴兴祚统领陆路军队逼近金门，万正色与林贤等率领水师出港，从海上进攻金门，在清军陆海两军的夹击下，镇守金门的郑军溃逃，朱天贵领郑军残余水师逃至铜山，后来，他率部投降清军。清军大获全胜，收复沿海诸岛，郑经等被赶回台湾，清军福建水师在这一战役中收复了海澄、厦门、金门等水师重要阵地。在清军攻海坛，收复海澄、厦门、金门的战斗中，林贤一直担任万正色率领的水师的左路先锋官，是万正色麾下最重要的战将，他统兵有方，智勇兼备，奋勇冲锋，战功显著。
当时，收复了海坛、海澄、厦门、金门等地，而如何处置这些收复之地是个重要问题，姚启圣、吴兴祚等皆认为收复的诸岛不能放弃，应驻兵设防。这时，奉旨前来考察的兵部侍郎温岱在考察后也上疏康熙帝，请准在收复地驻兵设防，康熙帝批准。总督姚启圣分别修书联络巡抚吴兴祚、陆师提督杨捷、水师提督万正色，商议选派将领镇守各岛。这次是地方大员、驻军统帅与水、陆军队统帅共商委派将领镇守各岛人事大计。值得注意的是，此次商议中，关于林贤等人任职问题，总督姚启圣与水师提督万正色有不同的看法，而这不同看法是基于他们都欣赏林贤的胆识才能，都想重用他镇守关键城镇。姚启圣主张让林贤镇守厦门，陈龙镇守金门，杨嘉瑞、黄镐同守铜山；而万正色则坚持要林贤镇守海坛。万正色认为，从海防军事上看，海坛“势据上风，为复兴之地，又与金、厦相去悬隔”，是战略要地，需有能将去镇守，而林贤夙娴海战，且巡抚吴兴祚曾委托他统领过水军，屡立战功，应由他来镇守海坛；而由陈龙守金门，黄镐守铜山，杨嘉瑞守厦门。万正色自己镇守海澄，可常到厦门驻防，这样就万无一失。最后，姚启圣接受了万正色的意见，上奏朝廷。很快，朝廷作了批复。林贤被任为海坛总兵，授为左都督，并记余功三次。在此次人事任命中，总督和水师提督皆看中了林贤的本事，均想重用他镇守要地，总督重视的是厦门，因为那是朝廷费了很大劲才收复的重要岛屿，而且，是姚启圣领军收复来的；而水师提督更关注的是海坛，因为海坛是水师的战略要地，进可攻，退利守，且离金、厦较远，需有能将镇守，海防才能安全。最后，水师提督意见起主导作用，海坛当时属福建水师基地，由谁来镇守，还是水师提督说了算，于是，林贤万正色被重用，成了赫赫有名的海坛总兵官。
三、澎台战役中施琅提督水师专征台湾，林贤是平彭台时施琅麾下最为得力的总兵官
康熙二十一年(1682)五月，清王朝平台战略进入了实施阶段，新任水师提督施琅和总督姚启圣率领福建水师抵达铜山，准备征澎、台。不过，在关于出征战略的主要问题上，总督和提督意见大不相同，两人关于出征时间、进军路线、战役指挥等问题上争执不下。到了十月，康熙帝准许施琅有专征之权。在铜山，施琅指挥着二百三十 余艘战舰、两万余名官兵组成的福建水师，司机进攻台湾。
康熙二十二年(1683)六月初一，施琅在铜山召集吴英、林贤、朱天贵等重要将领以及各镇总兵开会，在会上商议作战方案，布置军事任务，申明赏罚条例，立誓表决心。清军的核心战略是先攻澎湖，后攻台湾。据说，在会上，施琅主张先率水师驻扎花屿，以之作为进攻澎湖的前方基地。林贤提出了不同意见，他认为，花屿在澎湖之西南，而八罩在澎湖之正南，不如进住八罩，以占上风。施琅采纳了林贤的建议。
六月十三日，施琅祭江，十四日辰时，施琅率领舟师从铜山乘风出发，朝澎湖驶去。十五日申时，清军水师到达澎猫屿和花屿，逼近澎湖。澎湖周边的郑军哨船发现了清军舟师主力，急忙回报郑军驻守澎湖的主帅刘国轩。刘国轩得报，大吃一惊，急派领兵吴略持令箭到右先锋镇陈谅处，令其督率诸将严守阵地。并传令守卫狮屿头的戎旗一镇吴潜、平北将军果毅中镇杨德、提督前镇黄球、果毅后镇吴禄和侍卫后镇颜国祥等各镇各营将领，前移列于海岸，横截攻打，防止清军水师停泊登陆。同时，又命令水师总提督右武卫林升，率领征北将军曾瑞、定北将军王顺、左虎卫江胜、援剿后镇陈起明、宣毅左镇邱辉、护卫左镇黄联、后劲镇刘明、折卫左镇林顺等以及水师一镇萧武、水师二镇陈政、水师三镇薛衡、水师四镇黄国柱等将领，驾驶大烦船、鸟船、赶缯船，环泊于娘妈宫前口子和内外堑、东西岗各要口守候，严阵以待，对阵清军水师。
十六日，施琅在战船上举行战前军事会议，商议攻打澎湖岛具体策略。林贤建议先派遣二十只快哨进入澎湖港，对郑军水师具体情况进行侦察，了解敌船数量、停泊位置、陆上防御等，知彼后再定进攻方略。施琅接受建议，派出快哨侦察。哨兵回报郑军水师的战船二百余艘在港内扬帆排列，防守十分严密。随后，施琅令标下右营游击蓝理、后营游击曾成、左营游击张胜、海坛镇中营游击许英、二等侍卫吴启爵、同安城守右营游击赵邦试、铜山镇标右营游击阮钦为等， 各乘鸟船一只，率领所辖官兵，首先发起冲锋，力争冲破敌阵。清军前锋径直冲人敌阵攻杀，打沉郑军数船，杀死敌兵不少。正激战时，海上突然卷起南潮，清军前锋数船被潮流推近郑军岸边炮城，郑军水师名将林升见清军将领许英等驾船深入，率领战船左右夹攻。清军水师的前锋被郑军合围。形势危急，施琅见前军危机，立即以帅舰冲人敌阵，兴化镇总兵吴英等也立即冲进敌阵，冲破了敌船的包围圈，救出清军前锋船队。郑军水师退回港内，清军水师亦撤回。此役双方皆有伤亡，清军水师统帅施琅右眼受伤，郑军水师总督林升身中三箭。
当晚，施琅与一些重要将领对当天的战斗进行总结，他们发现军心不齐，有的将领交战时观望不前，对此，当时的清军的水师副帅吴英，或者是海坛总兵林贤提出了重要建议（一说是吴英向施琅建议，另一说是林贤向施琅提的建议，其实，也有可能是施琅集中了当时吴英、林贤等将领的建议，后来将建议集中起来）：
“国家四十年来，为此海寇，屡抚屡剿，所费钱粮，何啻千万：沿海数省，百姓被害，不啻千万。如今已扼其吭，若不乘势平定，日后何有破台之举？寇舟虽多，只 有二三十只凶猛，余不过碌碌逐阵而已。今日因我师彼此观望，依愚见，明早收船八罩，明赏罚，号令我战船四百余号，挑选大船四五十只，余船令在后架梁。将各 船精锐官兵挑出，每大船上面若站得二百人，舱底藏伏二百人。对敌时，死伤一人，即换一人，其枪炮弓箭俱未许开用，令各兵将火炮、火桶、火榷伏在两傍，各镇 自领前锋。我船进港，寇大船必来迎敌，我船派配已定，或二船或三船攻烧一船，寇之前锋大船一经烧毁，余船无不破胆矣。”（关于这一建议，可参看吴英《行间纪遇·施琅进攻台湾事》，转引自李鸿彬《施琅与吴英——兼论澎湖海战》〔载《高鸿逵教授逝世十周年纪念文集》北京大学出版社，1995，页225一230〕）接着，这位将领又向施琅建议：“若挑定官兵船只，船篷上大书姓名，各镇先进，众将不敢不进。”（引文出处同上）有此，能很好地督促每艘战船上的将领在战时勇猛向前，也便于统一指挥，更有利于各船协调配合。这一建议的实施将使清军水师组织结构更严密，任务责任更明确，指挥协调更方便，大大提高福建水师的战斗力。果然，十七日，清军水师撤到八罩停泊时，施琅召开众将领会议，严申军令，查定功罪，重赏许英、蓝理等奋勇破敌的将领，将观望不前的将领尽行捆绑处置，后命其立功赎罪。在施琅主持下，林贤会同各镇总兵，立下军令状，立誓奋勇杀敌。
十八日黎明，澎湖海域上空北风转南风，施琅、林贤等乘好风向挥师出击，夺取了虎井屿和桶盘屿两个重要的岛屿。 十九日，施琅率罗士珍等人乘坐小赶缯船秘密侦察了澎湖郑军的防御情况；二十、二十一日，施琅故意派老弱残兵乘坐赶缯船和双帆船，分二路佯攻郑军，以骄兵之计麻痹敌军。二十一日，施琅再次召集将领召开军事会议，宣布作战方案：“明日分作两股进兵，设阄拈定次序，庶不紊乱。今寇船泊在澎湖东边山，就东边拈起。”（引文出处同上）各镇总兵依施琅令分别拈阄，海坛镇林贤拈得第一阄，平阳镇朱天贵拈第二阄，兴化镇吴英拈第三阄，铜山镇陈昌拈第四阄，金门镇陈龙拈第五阄，厦门镇杨嘉瑞拈第六阄。
二十二日巳时，施琅再次申明军令后，卒领清军水师全部战舰浩浩荡荡出发，数路战船向郑军攻去。提标随征都督陈蟒、魏明和副将郑元堂等率领一路军，领赶缯船、双帆艉船五十艘， 从东畔莳内直插鸡笼屿、四角山，此一路为奇兵突袭；提标随征总兵董义、康玉和守备洪天锡率领另一路军，领赶缯船、双帆船船五十艘，从西畔内堑直插牛心湾，此一路为疑兵牵制敌军。后一路军是居中的主力船队，由大鸟船五十六艘组成，分为八股，每股七艘战船。施琅亲自领一股居中，兴化镇总兵吴英率领一股居左，平阳镇总兵朱天贵、前营游击何应元领一股居右， 金门镇总兵陈龙率领一股在次左，中营参将罗士珍、右营游击蓝理、后营游击曾成合领一股在次右之右，铜山镇总兵陈昌率领一股在次左之左，海坛镇总兵林贤率领一股在末右，厦门镇总兵杨嘉瑞率领一股在末左。此外，还留有八十余艘战船作为后援，作为主力舰队的后翼，前后呼应。在施琅亲自指挥的这一路主力船队中，居左的吴英，居右的朱天贵、何应元，居末右的林贤，居末左的杨家瑞等是特别抢眼的战将。
镇守澎湖的郑军名将刘国轩指挥郑军水师整船列队严阵以待。两军接近时，双方炮火矢石互攻，石如雨点，硝烟弥漫，敌我难辨。清军水师首先冲破敌阵的，是海坛镇总兵林贤、平阳镇总兵朱天贵、提标前营游击何应元、提标千总蔡琦凤。林贤与朱天贵率战船，左冲右击，惨烈厮杀。 朱天贵意识到孤军深人，后援未到，问林贤：“后舟未至，奈何？”林贤曰：“兵贵神速，不能待，亦不必待。”这时，郑军水师副总督左虎卫江钦率领主力舰队前来阻击清军前锋，双方炮火互攻，朱天贵不幸中炮身亡，其所属船队退出战斗，林贤在失去朱天贵支持的情况下仍指挥战船冲锋陷阵，直逼郑军大本营娘妈宫阵地。江钦见林贤孤军深入，后无援军，便率领麾下四艘烦船，合力围攻林贤一船。林贤临危不惧，越战越勇，在郑军水师包围圈中左冲右突，奋力拼杀，身中二箭，但仍继续战斗，后矢石炮子咸尽，只好打碎铁锅作武器。援军未到，林贤激励众将士奋力杀敌，表示宁自焚亦不后退。主帅的激励，让将士更奋力拼杀，战斗一直坚持至申时，清军援军才赶到。这时，施琅指挥东西二路战船夹攻郑军战船，林贤指挥战船从里往外冲，射杀了江钦、吴贵等，烧敌战船三艘。敌将陈启明驾船从尾部来攻林贤，被清军副锋海坛镇中营游击许英、游击丁世芳和千总林恭所率领的战船打沉。郑军水师中提督后镇杨文炳驾驶一艘煩船前来救援，又被许英烧毁。海坛镇左营游击吴辉也驾驶战船直冲敌阵。郑军水师中提督陈士勋、统领右先锋陈谅等率领三艘烦船， 合攻吴辉一船，海坛镇守备胡宗明、许王，守备林正春、林登阁和把总江日满、守备余福驾驶三艘战船冲人敌阵，奋勇突杀，支援吴辉。最终，陈士勋烦船被清军烧毁。海坛镇右营游击江新、干总林胜亦派拨前锋，占据上风上水，顺势冲人下风敌阵之中，奋力冲杀。金门镇总兵陈龙从旁支援夹攻，击沉郑军烦船一只。海坛镇中营守备李琦、千总何聚等船逼近应援，其余千总李振、把总林凤、林耀、林应、张荣等，也各自驾船紧随。
福建水师的军舰
这一战役，施琅、吴英和林贤等率领的清军水师与刘国轩等率领的郑军水师从上午至傍晚，整整激战了八个多小时，最后以清军水师全胜，郑军水师大败而告终，清军阵亡三百多人，伤近两千人，而郑军被烧杀的将领有四十七人，死亡约一万两千多人，被打沉的战船一百五十九艘，逃出的大小船只仅二十七艘。郑军主帅刘国轩亦驾小船从吼门遁出，逃回台湾。清军损失不算大，但是，最先冲入敌阵的林贤和朱天贵的战船受损最大，朱天贵战死；林贤所乘的战船有一百零九人阵亡，一百六十四人负伤。战斗结束，施琅巡视船队，当他登上林贤的战船时，见横尸满目，遍船血迹，含泪对林贤说“公血战破敌，功莫并矣”。后来，施琅于上呈朝廷的捷报中说：“沖腙陷阵，鏖战覆寇者，乃海坛镇臣林贤也。”
澎湖海战后，郑军水师主力已大部分被歼，失去对抗清军的实力。施琅积极推行他的“因抚寓剿”战略方针，下令暂停军事进攻，作好平台两手准备。一方面，他指挥船队进驻澎湖，休整，补员，添器械，增粮饷，准备进攻台湾：另一方面，他及时颁布《晓渝澎湖安民示》，严禁抢劫杀戮，尽力恢复正常秩序，并提请免三年租税徭役，尽量消除澎湖百姓的战乱之苦，其实，这也是让台湾居民闻之而能有所感触。同时，施琅还宽待俘虏，准许受俘将士能回台省亲。这是宣传和瓦解敌军的策略，也是比较人道的战时政策。
在施琅强大水师力量的逼迫下，在政治宣传的感化下，台湾岛内军心涣散，民心思变，加上岛内经济困境，郑克塽最终采纳了刘国轩等人的建议，决定降清。闰六月初八日，郑克塽、刘国轩派遣郑平英、林维荣、曾蜚、朱绍熙到澎湖施琅军前纳款请降，并提出继续留居台湾，这要求遭施琅拒绝。施琅提出郑受降三条件：刘国轩、冯锡范须到澎湖施琅军前面降；须将台湾人口、土地全部收入版图：郑氏集团官兵须遵旨剃发，迁入内地，服从朝廷安置。七月十五日，刘国轩胞弟刘国昌、冯锡范胞弟冯锡韩、兵官冯锡珪等将降本送至澎湖施琅军前，完全接受了施琅要求的受降条件。八月十三日，施琅亲率舟师从台湾鹿耳门入港登陆，林贤率领本标三营官兵船只进入台湾，招抚郑克塽、刘国轩、冯锡范及郑氏集团文武官员，郑氏集团归附，台湾悉人版图。十五日，施琅在赤嵌举行隆重的受降仪式，宣读康熙帝赦诏，郑克塽等人遥向北京方向叩头谢恩。十八日，郑克塽和台湾的文武官员全部剃发。施琅带领清军顺利接管了台湾全境。
平台战役后，施琅上疏康熙帝为诸将表功，其中赞林贤说云：“如海坛镇臣林贤，当先破敌，舍命陷阵，诸将无出其右。臣忝专征之命，此役战功非比寻常，不敢隐讳，谨冒昧上陈，伏乞皇上睿鉴施行。”（施琅：《飞报大捷疏》，《靖海纪事》卷上）
福建水师军舰
康熙二十二年(1683年)十二月，康熙下诏书：“尔左都督林贤，夙娴军事，克抱尽诚”，“戎行效力，积有勤劳，爰加爵以酬……特授荣禄大夫，带世职余 功”。同时，朝廷还诰封林贤之妻章氏为一品夫人；诰赠林贤之曾祖父直斋、祖父得所、父茂田为荣禄大夫；诰赠林贤之曾祖母杨氏、祖母吕氏、母魏氏为一品夫 人。后来，晋江林门因此有了“四世一品”之誉说。康熙二十三年(1684年)六月，林贤奉旨入京，康熙帝召入正殿询问战况，改容嘉劳，赐宴时林贤位列抚臣之上，后皇帝观射，林贤连中三矢，康熙帝赐貂套朝服、御马鞍辔。令其旋随驾东巡，侍从围猎，并赐所获鹿兔等，格外加恩。随驾至山东平原，康熙帝命林贤回海坛镇守要地。康熙二十五年(1686年)，朝廷再论平台功勋，赐林贤拜他喇布勒哈番，再记余功三次。随后，又赠林贤一拖沙喇哈番，林贤之次子梦松袭世袭。康熙廿六年(1687)六月十八日，林贤卒于任所。康熙帝特旨赠太子少保，全锡帑金，御祭葬，并特遣福建布政使司参政江皋谕祭，祭文曰：“鞠躬尽瘁，臣子之芳踪；恤死报勤，国家之盛典。尔林贤性行纯良，才能称职。方翼遐龄，忽焉长逝。朕用悼焉，特颁祭葬，以慰幽魂。呜呼！宠锡重垆，庶沐匪躬之报；名垂信史，聿昭不朽之荣。尔如有知，尚克歆享。”(参看林贤故乡珍存的《马平霞店林氏本房族谱》，清康熙丁卯岁版本，林贤为该谱写序)
值得注意的是，林贤加入福建水师，正是福建水师恢复建制时，福建水师逐渐强大的过程，也是林贤率领标下船队屡次作战，建功升职的过程。林贤是清军福建水师中最英勇善战的高级将领之一，他曾被福建吴兴祚委任为福建援剿水师总兵官；他颇受水师复建后首任提督万正色的器重，委以海坛总兵重任；同时，他也颇受总督姚启圣、巡抚吴兴祚的赏识。战澎湖、平台湾期间，林贤又受拥有专征之权的新任水师提督施琅的赏识，林贤智勇兼备，统兵有方，谙熟水战，战功卓著，是平台水师中地位仅次于施琅、吴英的重要将领，而且，吴英当时主督陆军，林贤在水师中的地位非同一般。在平台战役结束，郑军归降后，施琅、吴英、林贤等所统领的福建水师达到了康熙朝水师最高峰时期，是最强势、最能打的水师，而林贤镇守东南沿海最重要的水师基地——海坛，毫无意义，林贤是当时福建水师位居前列的总兵官。