《超级弹丸论破2：再见了绝望学园》（Ace Attorney's Trials & Tribulations: Farewell, Despair Academy）的剧情系统是其核心体验，融合了经典的法庭辩论玩法与引人入胜的悬疑故事。以下是该系统的主要构成要素：
1. "主线剧情驱动 (Narrative-Driven Structure):"
"案件串联故事:" 游戏的主线故事通过一系列法庭案件展开。玩家扮演律师（神龙架），为被控犯下谋杀等重罪的角色进行辩护。每个案件的真相和解决方式都深刻地推动着整体剧情的发展。
"角色互动与关系:" 案件中的证词、辩护、以及与被告、证人、法官、律师助理（绫里千寻）等的互动，不仅是为了找出真相，也是为了理解角色之间的关系、动机和内心的挣扎。这些互动有助于玩家建立对角色的好感度或信任度。
"悬念与揭露:" 每个案件都包含谜题元素。玩家需要通过调查、分析证词、发现矛盾点来逐步揭开案件的真相，包括谁是真凶、作案手法、动机等。随着案件的深入，关于学校“绝望组织”的阴谋和角色们的过去也逐渐被揭露。
2. "法庭辩论核心系统 (Courtroom Combat System):"
"证言与检举 (Witness Testimony & Cross-Examination):"
《超级弹丸论破2：再见了绝望学园》是《弹丸论破：希望的学园和绝望高中生》的正统续作，本作将场景设置在位于南太平洋的贾巴沃克岛上。全新的16人，全新的杀人修学旅行，在这座与世隔绝的小岛上再次展开。下面我们来看看剧情系统
《超级弹丸论破2：再见了绝望学园》剧情系统：
本作在开场似乎是让玩家展开普普通通lovelove的学园AVG之旅，不过随后出现的黑白熊会正式掀开杀戮的浪潮。游戏的节奏依然跟前作一致，遵循(非)日常篇—发现杀人事件—日常篇—学级裁判，并且在这中间穿插剧情。
在自由活动的环节，玩家可以利用游戏币在老虎机中获得礼物，并将礼物送给任何同学，好感度升高后还可以换取技能，来帮助自己在裁判中获得优势。(ps：游戏币的来源除了学级裁判的奖励，还有隐藏在各处的黑白熊人偶，好好寻找它们吧)这一阶段也算是游戏难得的和平时期。
当进行(非)日常生活期间发生杀人事件，并且除凶手以外，有三名学生发现尸体时，玩家便会进入非日常生活，此时则需要在岛内搜查足够可以成为用于学级裁判“言弹”(コトダマ)的人证和物证。
学级裁判难度分为“简单”、“普通”和“欺负人”模式。玩家可根据自身能力来调整推理难度和动作难度。(在游玩期间也可随意调整难度)
