《拳皇R》讲述主人公草薙京与女友小雪相识的过程，及其与二阶堂红丸、大门五郎从对决到结为好友的经历，同时描绘草薙京与宿敌八神庵的初次对决。作品引入游戏《拳皇。京》中的草薙苍司、草薙葵作为客串角色，并明确草薙京的官方女友为小雪，修正港漫中藤堂香澄的暧昧设定。
《拳皇96》主要讲述草薙京如何刷经验练级，八神庵无限大开杀戒，暴风大叔作死单挑所有人，结果遭到三神器围殴至封印！
《拳皇97》草薙京练成了最终决战奥义无式，八神依旧开挂大开杀戒快速刷经验，当中还把宿敌草薙京击杀。后面草薙京莫名其妙地被禁招八酒杯复活。大蛇一族继续在人间为非作歹，天国神族之主OROCHI终于降临，后面惨遭自己儿子八神庵背叛，三神器又像上年一样，故技重施地封印了OROCHI。
《拳皇98》主要讲述的是大蛇一族在97年全数被封印，三神器失踪，万人迷卢伽尔在拳皇94-95没死成，继续出来搞事，升级速度比草薙八神还要快，简直是开挂刷经验。最后还完全拥有大蛇之血和暗黑力量！结果被草薙徒弟矢吹真吾打败。
《拳皇99》大蛇一族被封印，接下来出来搞事的是NESTS组织！首先出场的是古利查力度，人称经理。当然还有草薙京被NESTS俘虏，复制了一堆复制京。经理在拳皇99里面叱诧风云！凭着破坏力量分别第一瞬秒草薙京和八神庵，主角K更是个呆瓜子只有看戏的份，完全没能出手。最后经理由于自己太强了，力量大到反而使自己自毁。
《拳皇2000》NESTS的作乱分子复制人ZERO筹办拳皇大会，想要完成毁灭性武器Z Canno来企图毁灭NESTS和世间高手，谁知道非要作死，一个人和全部格斗家进行车轮战，结果最后被K肉死了，当然草薙京和八神没有参赛，他们两个依旧单独在另外一个场子里打架。C ZERO死后，他的弟子草薙京3号（名为X）为了继承他的遗志，继续做着他师傅的事情，做出了X Canno，其中还把草薙京，八神，大蛇一族，杰斯玩在鼓里。最后还是和他师傅一样被K肉死。
《拳皇2003》大蛇被封印，NESTS被瓦解，社长已死，拳皇的主角又再次进行了更换，不再是草薙京和K，而是换成一个看不太懂的Ash（艾斯），整篇故事主要介绍艾斯和他的同伴，以及引出遥远彼地。
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