《刺客信条：影》预定发布时间在2024年11月15日，并且官方在6月10日放出了实际演示宣传片。本作的背景故事定于日本，延续双主角设定，伊贺的忍者刺客奈绪江（女主）与史上传奇强大的非裔武士弥助（男主），在日本战国的历史背景下， 发现他们共同的宿命，并推动时代巨轮的前进。
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新作发布在即，回顾历代刺客大师的故事。
第一代——阿泰尔·伊本-拉阿哈德
阿泰尔作为刺客信条开山之作的主角也被称作最伟大的刺客大师。其双亲皆是刺客，母亲因难产而死，父亲在阿泰尔11岁时被萨拉森人杀死，原因是另一名刺客阿玛德·索非恩（Ahmad Sofian）受严刑逼供而供出了其名字，此事使阿玛德认为自己要为此负责，其后在向阿泰尔道歉后自杀。
由于阿泰尔与阿玛德之子阿巴斯·索非恩（Abbas Sofian）将一同接受训练，刺客组织的导师拉希德丁·锡南（Rashid ad-Din Sinan）获悉此事后著阿泰尔把此事保密，但阿泰尔最终决定向阿巴斯道出真相；以父亲为荣的阿巴斯认为阿泰尔说谎并对后者怀有强烈憎恨，二人关系从此自朋友变成敌人。
刺客组织在阿泰尔24岁时受宿敌圣殿骑士团围攻，拉希德丁与数人被劫持，阿泰尔在阿巴斯认为应撤退下独自救出所有人质并成功刺杀策划是次围攻之卧底圣殿骑士。拉希德丁事后把阿泰尔提升至刺客大师之等级。
1191年第三次十字军东征时期，阿泰尔奉命与另外两名刺客到所罗门圣殿寻找一个古代遗物，其过度自信使任务失败，不但被圣殿骑士团阻止且违背了三大刺客教条－不杀无辜、不暴露行踪、不连累刺客组织。于回到刺客组织位于马西亚夫的堡垒后，拉希德丁把阿泰尔降至最低级别，同时命其刺杀九名位于圣地（耶路撒冷、大马士革、阿卡）内的骑士团重要人物以作赎罪，并为十字军及撒拉森势力之间带来和平。
阿泰尔成功刺杀最后的目标－圣殿骑士团大团长后却获悉拉希德丁乃一名圣殿骑士，因企图独占该遗物而派遣阿泰尔刺杀众人，阿泰尔随即返回马西亚夫并从拉希德丁了解真相：该遗物属于人类以前的“第一文明（First Civilization）”（ 又称“先行者（Those Who Came Before）”），名为“伊甸碎片”（Piece of Eden）或“苹果”（The Apple），能控制人类思想及造出幻觉（包括各种超自然现象）。
拉希德丁手持碎片与阿泰尔展开战斗，阿泰尔把各幻术击破后刺杀拉希德丁，碎片滚落在地并投射出全世界其余碎片所在地的立体影像。为免碎片把拉希德丁复活，阿泰尔在众人（包括阿巴斯）反对下把遗体火化，阿巴斯在阿泰尔分神之际夺去了碎片，阿泰尔赶及在碎片力量危及阿巴斯生命前把他击败并夺回碎片，其后赢得众人支持成为新任刺客组织的导师。事后阿泰尔开始写下其生平辑录成册（Codex），研发更多刺杀方式，以及改善组织标志武器“袖剑”（Hidden Blade）之设计使配戴者不必切除无名指也能使用。
1217年成吉思汗向西方征讨，阿泰尔偕同妻子玛利亚（Maria Thorpe）与长子达里姆（Darim Ibn-La'Ahad）前往蒙古，次子塞夫（Sef Ibn-La'Ahad）及其家人留在马西亚夫，刺客组织由阿泰尔之左右手马利克（Malik Al-Sayf）代掌。在蒙古刺客高曲兰（Qulan Gal）协助下，阿泰尔及达里姆成功刺杀成吉思汗，但在1228年回到马西亚夫后发现刺客组织已衰落并受阿巴斯控制，马利克已被囚禁，而阿巴斯则声称塞夫在发现马利克欲掌握刺客组织后被后者所杀。
阿泰尔潜进位于组织地下之监狱救出马利克，并获悉阿巴斯在约两年前发动了叛变，把塞夫杀死并把罪名推往马利克。阿泰尔与玛利亚前往与阿巴斯对质（马利克在此期间被杀），并在后者要求下交出碎片。被阿巴斯命令前往拿碎片的刺客此时告诉阿泰尔其二子在死前被告知是阿泰尔下达死刑命令，阿泰尔于愤怒下发动碎片力量向该刺客施行酷刑，玛利亚欲阻止但于混乱中被杀，阿泰尔把该刺客杀死后与达里姆逃离马西亚夫。
1247年阿泰尔重回马西亚夫并以其新发明之“袖枪”（Hidden Gun）射杀阿巴斯，重新成为刺客组织的导师，重振组织期间亦开始于组织堡垒地下兴建一图书馆以收藏所有从伊甸碎片处获得的知识。
1257年马西亚夫遭受蒙古进攻，阿泰尔决定把组织解散，使刺客能遍布全世界并成立更多刺客兄弟会，同时把其生平记录交给威尼斯探险家尼可罗·波罗（Niccolò Polo）及马费奥·波罗（Maffeo Polo）。8月12日阿泰尔于确定所有图书已被清空，全部刺客也已离去后与达里姆道别，带同碎片反锁于图书馆内逝世，享嵩寿92岁。
第二代————艾吉奥·奥迪托雷·达·佛罗伦萨
可以说是人物背景最丰富的一位刺客大师，以艾吉奥为主角一共发布了3部系列作，也就是熟知的《刺客信条：三部曲》，贯穿了这位刺客大师的一生。所以是玩家们印象里最深刻的一位刺客大师，（个人认为服装设计也是最优雅的一代）。
艾吉奥·奥迪托雷是《刺客信条》系列前期现代故事线主角戴斯蒙德·迈尔斯的父系祖先，后者通过名为Animus的机器提取自身DNA中潜藏的先祖记忆，借此体验艾吉奥的生活。
艾吉奥于1459年出生在意大利城市佛罗伦萨的贵族家庭，是奥迪托雷（Auditore）家族的一员。他在17岁前一直过着无忧无虑的富裕生活，又经父亲乔瓦尼（Giovanni）介绍给银行家乔瓦尼·托尔纳博尼当过学徒。
但情况在乔瓦尼发现针对佛罗伦萨统治者洛伦佐·德·美第奇的暗杀阴谋后急转直下：他指控弗朗切斯科·德·帕齐参与其中，并将收集的证据转交正义旗手乌贝托·阿尔贝蒂（Uberto Alberti），殊不知后者也是帕齐的同谋。乌贝托反而诬陷奥迪托雷家族策划了这场阴谋，逮捕绞死了家族全体男性成员。
彼时艾吉奥在外帮父亲跑腿而躲过一劫，于是继承父亲遗志与刺客衣钵，携母亲和妹妹逃往叔叔马里奥（Mario）所在的家族庄园蒙特里久尼。
在蒙特里久尼，马里奥协助艾吉奥调查阴谋的主使，同时训练他的战斗技能。正当艾吉奥执行着对帕齐家族的复仇计划，却发现更多佛罗伦萨之外的人牵涉其中。接下来的十年里，艾吉奥致力于追踪和消灭各路阴谋参与者，辗转佛罗伦萨、圣吉米尼亚诺和弗利，最后来到威尼斯。
此间他也结识了尼科洛·马基雅维利、卡特琳娜·斯福尔扎和列奥纳多·达·芬奇（老重要了：武器商）等诸多友人：部分得益于他们的引导，艾吉奥没有被复仇的怒火吞噬，转而踏上了寻求正义的救赎之路。
最终艾吉奥了解到，阴谋的始作俑者正是领导意大利圣殿骑士组织的罗德里哥·波吉亚，后者此番意欲找寻上古神器伊甸碎片（Pieces of Eden）之一、能够控制人类心智的伊甸苹果（Apple of Eden）。1488年，艾吉奥于威尼斯截获携伊甸苹果归来的波吉亚，后者则在对峙中自命为有权开启传说中密室（Vault）的先知（the Prophet）。艾吉奥的友人们随即赶到，与其合力击败波吉亚并夺下伊甸苹果，又告知艾吉奥他们都是刺客的真相。艾吉奥方才明白先知就是自己，于是正式加入刺客兄弟会。
不久后艾吉奥护送伊甸苹果前往弗利，恰逢波吉亚为夺取阿泰尔·伊本·拉阿哈德所写有关伊甸苹果的手札而雇佣的军队攻城。艾吉奥在击退来犯者时遇袭受伤，伊甸苹果也被一名路过的修士捡走。
康复后的艾吉奥得知此人名叫吉罗拉莫·萨佛纳罗拉，便启程追寻。1491年，艾吉奥听闻波吉亚对克里斯托弗·哥伦布探索新大陆的计划深感兴趣，于是潜入哥伦布与圣殿骑士在威尼斯的会面，意外解救了落入后者圈套的哥伦布。
与哥伦布同行的路易斯·德·圣坦杰尔告诉他，托马斯·德·托尔克马达领导的西班牙宗教裁判所正四处搜捕刺客兄弟会成员，艾吉奥遂远赴西班牙营救。在西班牙，艾吉奥挫败了宗教裁判所于巴塞罗那和萨拉戈萨的行动，并救出被圣殿骑士软禁以延长战争的格拉纳达国王穆罕默德十二世。
最终路易斯成功说服伊莎贝拉女王资助哥伦布的探险，艾吉奥也在完成使命后回到意大利。
1497年，艾吉奥回到家乡，发现萨佛纳罗拉已在利用伊甸苹果蛊惑市民赶走美第奇家族后接管佛罗伦萨，并下令大规模焚毁艺术品和书籍。
艾吉奥于是趁乱刺杀萨佛纳罗拉及其追随者，拿回伊甸苹果的同时终结了后者的严苛统治。到了1499年，艾吉奥和友人们终于集齐阿泰尔的手札，获悉密室就位于罗马西斯廷小堂地下。彼时波吉亚已于1492年成为教皇，其手握的权杖便是另一块伊甸碎片，与伊甸苹果结合即可开启密室。
在友人协助下，艾吉奥成功潜入梵蒂冈并试图刺杀教皇，却与权杖力量加身的波吉亚陷入苦战，伊甸苹果也被其抢走。但波吉亚很快发现自己打不开密室，随即被追来的艾吉奥击倒。意识到杀死波吉亚也无法使家人复生，艾吉奥最终决定饶他一命。而当艾吉奥进入密室后，一个全息投影人物出现在他面前：其人自称密涅瓦，来自创造了人类和伊甸碎片的先进文明。确认过艾吉奥先知的身份，密涅瓦转而告知正在使用Animus的戴斯蒙德一场耀斑灾难即将降临，催他赶紧行动。投影至此消失，徒留艾吉奥迷惑于戴斯蒙德究竟是谁。（以上是《刺客信条II》的剧情）
《刺客信条：兄弟会》剧情承接《刺客信条II》，艾吉奥结束梵蒂冈之行回到蒙特里焦尼，很快遭同为圣殿骑士的罗德里哥·波吉亚之子切萨雷·波吉亚以教皇名义率军攻城。随着蒙特里焦尼沦陷，切萨雷取得伊甸苹果，卡特琳娜·斯福尔扎被抓，叔叔马里奥遇害，负伤的艾吉奥护送母亲和妹妹逃离庄园，便独自赶往波吉亚家族的统治中心罗马，却因体力不支半道落马。
幸得尼科洛·马基雅维利救助，艾吉奥成功抵达，不久伤愈。彼时波吉亚治下的罗马百姓苦不堪言，二人因此计划发动群众解放罗马，推翻波吉亚家族并取回伊甸苹果。艾吉奥遂以市内台伯岛为刺客兄弟会总部，联合妓女、盗贼和佣兵等团体，不断壮大刺客势力。期间他帮助尼古拉·哥白尼躲避圣殿骑士追杀，救出关押在圣天使堡的卡特琳娜，摧毁达·芬奇被迫制造的各式战争机器，并开始招募大批平民加入兄弟会。
到了1503年，眼见时机成熟，艾吉奥正式向波吉亚发起反击：刺杀管理家族财政的“银行家”胡安·波吉亚（Juan Borgia），断绝其资金来源；消灭法国将领瓦卢瓦男爵（Baron de Valois），削弱其援军实力；抓住卢克雷齐娅·波吉亚把柄，取得圣天使堡钥匙，并接替马基雅维利成为刺客组织新任领袖。
得知伊甸苹果在教皇手中，艾吉奥重返圣天使堡，却撞见波吉亚父子反目，切萨雷怒杀教皇。艾吉奥先行夺得伊甸苹果，借助其力量彻底摧毁切萨雷的统治根基，不久切萨雷被新任教皇儒略二世下令逮捕。
1506年，老友达·芬奇因发现毕达哥拉斯神庙而遭赫耳墨斯主义者绑架，但在其助手萨莱协助下被艾吉奥救出。与此同时，切萨雷在西班牙越狱后投奔纳瓦拉国王胡安三世，次年又领兵围攻比亚纳，却遭遇追踪而来的艾吉奥，一番战斗后被扔下城墙身亡。而早在出发之前，艾吉奥已将伊甸苹果封存在罗马斗兽场地下的朱诺神殿中。
《刺客信条：启示录》剧情承接《刺客信条：兄弟会》，艾吉奥击败切萨雷后回到意大利，偶然发现父亲信中提及位于昔日刺客组织总部迈斯亚夫城堡下的密室图书馆，藏有大量刺客导师阿泰尔留下的知识。
艾吉奥遂于1510年出发，次年抵达迈斯亚夫，不料遭占据此地的圣殿骑士伏击，他们已在尼科洛·波罗日记指引下捷足先登。命悬一线之际，艾吉奥顺利逃脱，又刺杀圣殿骑士队长夺回日记，得知需集齐散落在君士坦丁堡的五把钥匙方可开启图书馆大门。
艾吉奥于是前往奥斯曼帝国治下的君士坦丁堡，找寻钥匙的同时帮助优素福·塔齐姆（Yusuf Tazim）领导的当地刺客组织扫清圣殿骑士势力。身居君士坦丁堡期间，艾吉奥结识了意大利书商索菲亚·萨尔托（Sofia Sartor）和奥斯曼王子苏莱曼，前者协助他找到四把钥匙，后者则同他合作打击城内圣殿骑士。
从耶尼切里军官塔里克·巴列蒂（Tarik Barleti）处，艾吉奥得知拜占庭王室后裔曼努埃尔·帕里奥洛格斯领导的圣殿骑士正在卡帕多细亚秘密扩军，意图推翻奥斯曼，重建拜占庭。
不久艾吉奥抵达卡帕多细亚地下城市代林库尤，成功刺杀曼努埃尔并拿到第五把钥匙，此时幕后黑手突然现身，竟是苏莱曼的叔叔艾哈迈德王子。艾哈迈德令艾吉奥交出钥匙，被拒后便以索菲亚相要挟并乘船离开。
而当艾吉奥赶回君士坦丁堡，发现优素福已遭杀害，爱人索菲亚也被绑走。艾吉奥遂组织剩余刺客发动反击，成功救下索菲亚，随后追至城外，抢回艾哈迈德拿走的钥匙。归来的新任苏丹塞利姆一世处死了艾哈迈德，但也勒令艾吉奥永远离开君士坦丁堡。
艾吉奥和索菲亚来到迈斯亚夫，进入图书馆后只发现阿泰尔的遗骸和另一枚伊甸苹果。艾吉奥意识到图书馆的全部作用就是向戴斯蒙德传递另一则信息，而自己在其中不过是名信使。自知已完成了所有的使命，艾吉奥将苹果留在原地，脱下刺客装备正式宣告退休。尽管看不到戴斯蒙德，艾吉奥仍然尝试与他交谈，希望自己过往的经历能帮助他找到这一切问题的最终答案。
《刺客信条：余烬》的故事发生在艾吉奥晚年，彼时他已自刺客兄弟会退休，与妻子索菲亚和一双儿女隐居托斯卡纳乡间庄园。
1524年，一名自称邵君（Shao Jun）的中国女刺客忽然登门拜访，请求艾吉奥教她如何团结家乡民众及重建被毁的刺客组织。艾吉奥起初拒绝并要她离开，后来还是为其诚意打动，将自己总结的经验倾囊相授。次日二人自佛罗伦萨回家途中遭遇嘉靖帝派来的杀手伏击，幸得邵君解围。
艾吉奥断定庄园已不安全，立刻送妻儿往罗马友人处避难，留下他和邵君等待追兵，期间训练她的战斗技巧，当晚二人即协作击退入侵者。第二天早晨，心愿已了的邵君向艾吉奥道别，又获赠伊甸碎片先行者之盒（Precursor box）。不久后艾吉奥陪同家人来到佛罗伦萨，因身体不适暂歇于集市长椅。一名路过的年轻人向他抱怨这座城市，艾吉奥正试图劝导，却疑似心脏病发，年轻人则在安抚他后离开。艾吉奥最后望向不远处的妻女，随即面带微笑溘然长逝，终年65岁。
第三代————康纳（狂战士）
紧接前作《刺客信条：启示录》，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯（Desmond Miles）与同伴肖恩·海斯汀（Shuan Hastings）、丽贝卡·克琳（Rebacca Crane）及父亲威廉·迈尔斯（William Miles）已找到“第一文明”（First Civilization）成员朱比特（Jupiter）所示，位于美国纽约的中央密室。戴斯蒙利用“第一文明”古代遗物“伊甸碎片”（Piece of Eden）进入和重新启动密室后被激发“血缘效应”（Bleeding Effect）晕倒在地，随即被送回基因记忆追溯机器“Animus 3.0”，进入其分别活跃于美国革命时期两名祖先之记忆：英籍圣殿骑士祖先海尔森·肯威（Haytham Kenway），以及拥有英国及莫霍克人血统之刺客祖先拉顿哈给顿（Ratohnhaké:ton）。
1754年，海尔森于伦敦皇家歌剧院刺杀了一名刺客并夺去其身上的纹章，经圣殿骑士团研究后认为该纹章是开启“第一文明”位于美洲某密室之钥匙，遂派遣海尔森前往波士顿与查尔斯·李（Charles Lee）等人共同寻找密室，过程中海尔森杀了一名奴隶贩子并救出多名美洲原住民，包括一名为卡尼耶蒂依翁（Kaniehtio）的莫霍克族女性。卡尼耶蒂依翁在海尔森刺杀把她族人赶出土地的英军领导者后把他带至刻有与纹章上相同图纹的洞穴（戴斯蒙众人现今所在地），但海尔森发现纹章并非开启密室入口的钥匙，二人其后发生关系。海尔森回到波士顿向众人报告后开始策划建立美洲殖民地的圣殿骑士分部，并正式查尔斯加入圣殿骑士团。
海尔森与卡尼耶蒂依翁之子拉顿哈给顿不久后出生并逐渐成长。1760年，四岁之拉顿哈给顿与同伴在林中玩耍时被查尔斯逼问其村落位置，拉顿哈给顿拒绝后回家但发现村落被纵火，其母也被困火场丧生。九年后村落被重建，拉顿哈给顿按族母指示接触其部族保管的“伊甸碎片”，“第一文明”成员朱诺（Juno）告知拉顿哈给顿其村落及族人将被毁灭，并着他寻找一个符号（刺客组织徽章），族母获悉后指示他寻找刺客宗师阿基里斯‧达文波特（Achilles Davenport）。阿基里斯在拉顿哈给顿的坚持下妥协愿意提供训练，并给予他康纳（Connor）之别名以隐藏其原住民身份。
自1773年开始，康纳刺杀各美洲圣殿骑士及阻止大陆军总司令乔治·华盛顿（George Washington）遇刺，其后在协助夺回爱国者被抢夺物资时遇上了父亲海尔森。虽然康纳认为刺客组织与圣殿骑士团目标一致有望合作，但海尔森坚持以查尔斯取代华盛顿领导美国。二人完成任务后与华盛顿会面，海尔森乘机向康纳透露一信件，表示华盛顿因部分原住民暗中协助英军而下令消灭包括康纳族人在内的原住民，康纳获悉后愤然离开二人回村并赶及刺杀传达灭族命令的士兵，其后发现村落虽然无恙但已有数名村民被查尔斯煽动前往袭击爱国者，康纳赶在双方发生冲突前击昏所有村民，但其儿时好友嘎纳多贡（Kanen'tó:kon）被查尔斯迷惑而认为康纳站在华盛顿一方与族人为敌，迫使康纳于搏斗中把他杀死。
1781年，查尔斯被华盛顿贬黜并藏身纽约乔治堡，康纳在舰艇炮击乔治堡作掩护下潜进堡垒但被波及负伤并遇上了海尔森；查尔斯已携同纹章逃走。康纳随即与海尔森战斗并在将被勒毙之际把父亲刺死，其后在一轮从波士顿码头至蒙茅斯县的追逐后终在一所酒馆内刺杀查尔斯及夺回纹章。六个月后康纳回到村落发现所有族人均已迁离，只有“伊甸碎片”被留下，康纳在触及碎片后按朱诺所言把纹章藏起：埋在阿基里斯已故儿子康纳·达文波特（Connor Davenport）之墓中。
戴斯蒙等人掘出纹章后终能进入密室最深处，朱诺也现身指示戴斯蒙启动其所指之台座以拯救地球免被耀斑摧毁，但此时“第一文明”成员弥涅耳瓦（Minerva）现身警告触及台座不但会夺去戴斯蒙性命，且会释放朱诺让她征服世界：当年“第一文明”与人类发生战争时朱诺因企图把本用于拯救世界的机械满足一己私心而被囚禁。朱诺解释如果耀斑摧毁地球，戴斯蒙及少数幸存者会在残存之世界中成为宗教象征，但其理念将被错误诠释而导致人类重回愚昧。戴斯蒙最终选择朱诺所示之世界，并在启动台座后死去，地球逃过被毁灭的命运同时朱诺也被释放，向倒地的戴斯蒙道谢后表示将会“扮演自己的角色”。
1783年美国独立战争结束，康纳发现其村落所属土地被出售作为战争赔偿；英军其后完全撤离美国，但康纳在民众为其国家取得独立和自由欢呼之际看见码头一方有贩子正在出售奴隶。
第四代————爱德华·肯威
承接前作《刺客信条III》，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯（Desmond Miles）为保护地球免受闪焰摧毁而牺牲，其尸体被跨国制药公局Abstergo（现代圣殿骑士团）抽取基因样本上载至云，使与之没有血缘关系的人也能透过基因记忆追溯机器“Animus”追溯其祖先之记忆。作为一名Abstergo 旗下部门Abstergo Entertainment 之新进员工，部门主管希望玩家能进入活跃于海盗黄金时代之刺客爱德华·肯威（Edward Kenway）的记忆，为新互动电影作资料搜集（真正目的是寻找人类以前“第一文明”（First Civilization）之机器“观测台”（The Observatory）的所在地）。
1715年，爱德华杀死了一名准备投诚圣殿骑士团之刺客，其身上信件指示前往哈瓦那与总督劳雷亚诺·托勒斯（Laureano de Torres）及其秘密组织（圣殿骑士团）会面，爱德华为信上所言的报酬心动而冒充该刺客前往与众人会面，得悉圣殿骑士欲联同英国、西班牙和法国以打击加勒比海海盗之名寻找一名能协助它们掌握“观测台”位置之圣人巴沙洛缪·罗伯茨（Bartholomew Roberts）。爱德华不但使当地刺客组织陷入劣势，其后亦因身份败露而被带走囚于船上。爱德华逃离监禁后释放多名海盗及夺得一艘西班牙双桅横帆船，随后将之命名为“寒鸦号”（Jackdaw）。
1718年爱德华与一群海盗同伴（包括“黑胡子”爱德华·蒂奇（Edward Thatch）、玛莉·瑞德（Mary Read）等人）为了能活在一个不受英国控制的自由地区而聚集于拿骚，但缺乏管理和经济活动、疫病出现再加上其后英军进驻拿骚向海盗进行劝降使各人之间出现分歧，爱德华虽然成功偷取疫苗但未能阻止英军于通牒限期前发动围剿，黑胡子在与爱德华抢夺一艘海军主力舰时被杀，爱德华乘乱返回寒鸦号逃离拿骚水域并以大伊纳瓜岛作为基地。
由于认为夺得“观测台”可以获得数之不尽的财富，爱德华致力追查罗伯茨的下落，期间发现玛莉乃一名刺客并被邀前往图卢姆与刺客组织会面。由于爱德华以往对圣殿骑士的协助，组织不久受英军（圣殿骑士）袭击，爱德华受玛莉所托为组织完成刺杀合约以换取报酬，其后也逐一刺杀叛变至圣殿骑士的海盗和曾会面的骑士成员。爱德华其后终在非洲普林西比岛寻获罗伯茨，并经由罗伯茨的带领下，在之后于长湾找到进入封存“观测台”之第一文明密室“观测所”的入口 －“观测台”之第一文明密室：只要有监视目标的血液样本，“观测台”就能把其目视之一切以立体影像呈现。罗伯茨此时背叛爱德华并乘他伤重时把他交予英军以获取悬赏。
1720年4月，爱德华与各海盗（包括玛莉、安妮）被审判下狱等待处决，众人在刺客组织协助下逃狱但玛莉因病重而在途中不支去世。其死亡使爱德华决心加入刺客组织，随后击杀罗伯茨并在“观测台”密室内刺杀托勒斯。为免圣殿骑士获悉“观测所”位置，刺客组织表示密室将在下任圣人出现前被封印，同时爱德华接获来自英国的信件：其分居妻子已去世，其女儿珍妮佛·史考特（Jennifer Scott）被安排前往与他会面。
在玩家录取记忆资料时，Abstergo Entertainment 信息科技经理约翰（John）暗中表示Abstergo 对自己有所隐瞒，三度给予玩家保安许可以入侵公司电脑和监视系统（所得资料被安排交予现代刺客肖恩‧海斯汀（Shuan Hastings）和丽贝卡‧克琳（Rebecca Crane）），最后指示玩家入侵Animus核心部分，完成后第一文明成员朱诺（Juno）以立体影像现身表示由于中央密室被提早解封以拯救地球，她不能影响世界亦未能占据玩家身心：约翰乃罗伯茨之转世并欲使朱诺复活，计划失败后打算杀死玩家但及时被保安兵阻止和枪杀。
在把大伊纳瓜岛基地交予刺客组织后，爱德华与女儿乘坐寒鸦号返回伦敦定居并脱离海盗生涯。多年后，爱德华已再婚并育有一子海尔森·肯威（Haytham Kenway）。
第五代————亚诺·多里安
紧接前作《刺客信条IV：黑旗》 ，跨国制药公司Abstergo（现代圣殿骑士团）旗下部门Abstergo Entertainment 开发了名为“Helix”之云软件，让使用者能不需要借助基因记忆追溯机器“Animus”而能直接进入前人之记忆。
作为一名Helix 使用者之一的玩家进入圣殿骑士团最后一任大团长兼“圣者”（Sage）雅克·德·莫莱（Jaques de Molay）的一段记忆。1307年，刺客组织袭击圣殿骑士团位于法国圣殿塔的总部，莫莱托部下到地下密室藏好其管有之人类以前“第一文明”（First Civilization）遗物“伊甸之剑”（Sword of Eden）和一部法典后被捕和处死。此时现代刺客组织接触玩家，表示Abstergo 欲重组第一文明基因组从而实行一项目的不明的“凤凰计划”（Phoenix Project），因此侵占了玩家神经细胞搜索基因记忆资料，寻找古今拥有大量第一文明成员基因的圣者。为阻止Abstergo ，现代刺客希望玩家能加入组织并抢先进入活跃于18世纪末法国大革命时期、曾接触一名圣者之刺客亚诺·维克特·多里安（Arno Victor Dorian）的记忆。
1776年12月27日 八岁之亚诺跟随刺客父亲查尔斯·多里安（Charles Dorian）前往凡尔赛宫，在等待父亲回来时初遇法国圣殿骑士团大团长弗朗索瓦·德拉瑟尔（François de la Serre）的独生女艾莉丝·德拉瑟尔（Élise de la Serre）。二人玩耍期间查尔斯被圣殿骑士谢伊·派崔克·寇马可（Shay Patrick Cormac）刺杀（详看《刺客信条：叛变》），弗朗索瓦基于对查尔斯的敬重而把亚诺收为义子加以养育。
玩家加入了组织。
1789年 常惹上麻烦的亚诺与艾莉丝成为恋人。5月5日，德拉瑟尔前往凡尔赛宫出席为艾莉丝举行的宴会，一名送信人未能把一重要信件及时交给德拉瑟尔，亚诺请缨送信并但因被仇家袭击而逃回德拉瑟尔宅第，把信件塞进德拉瑟尔办公室地板后潜进皇宫与艾莉丝会面，离开时目击德拉瑟尔被二人杀害并被诬陷为凶手，随即被捕带至巴士底监狱。亚诺于狱中认识了父亲的挚友兼刺客大师皮尔·贝雷克（Pierre Bellec）从而了解父亲真正身份，二人于两个月后之攻占巴士底狱事件中逃出监狱。及后亚诺找到了艾莉丝但被要求离开，两人关系破裂；艾莉丝指出该信件本可警告德拉瑟尔圣殿骑士团内有人密谋把他杀害但最终没有被收到。深感内疚的亚诺遂投靠刺客组织，为赎罪宣誓成为刺客。
玩家被Abstergo发现，逃到了1898年的巴黎。
1791年 亚诺分别刺杀了杀害德拉瑟尔的两名凶手，其间认识了萨德侯爵（Marquis de Sade）及救出被新任圣殿骑士团大团长劫持的银匠弗朗索瓦·汤马斯·杰曼（François Thomas Germain）。亚诺在刺杀了大团长后始发现他是对德拉瑟尔发出信件以作警告之人；杰曼则是下达杀害命令的人亦是刺客组织提及的圣者。亚诺为保护艾莉丝而把她带至刺客组织基地请求协助，有意与圣殿骑士团求和的刺客组织首领奥诺雷·米拉波（Honoré Mirabeau）认为提供协助将在未来使圣殿骑士团欠下巨大人情，但深信双方无法共存之贝雷克认为此乃通敌行为而下毒杀害了米拉波，亚诺拒绝与他联手后和他进行战斗并把他杀死。
1792年8月10日 巴黎公社（Commune de Paris）攻占杜乐丽宫，亚诺奉命潜进杜乐丽宫销毁米拉波与路易十六（Louis XVI）之间之密件，于国王房间首遇在搜索第一文明遗物“伊甸碎片”（Piece of Eden）的拿破仑·波拿巴（Napoleon Bonaparte）。同时杰曼欲引发对国王的革命，因此指派了部下分别策动九月大屠杀、扣押粮食以营造法国贵族无视平民困境的景象、以及投票支持处决路易十六，亚诺与艾莉丝分别行动并刺杀了相关人士。
1793年1月21日 路易十六在协和广场被公开处决，亚诺为拯救被杰曼手下包围的艾莉丝而错失杀害杰曼的机会，刺客组织获悉此事后认为亚诺多次违抗命令擅自行动而把他驱逐。陷入低谷的亚诺回到德拉瑟尔宅第买醉数月，被艾莉丝告知巴黎于雅各宾专政中四分五裂才重新振作，于同年6月回到巴黎刺杀另一名圣殿骑士并得知雅各宾派首领马克西米连·罗伯斯庇尔（Maximilien de Robespierre）仍受杰曼之命拖延革命。
1794年6月 亚诺与艾莉丝于战神广场（Champ-de-Mars）设计使罗伯斯庇尔名誉受损，并赶及在后者被国民公会拘捕前使他供出杰曼所在地。二人翌日前往圣殿塔刺杀杰曼，取得“伊甸之剑”的杰曼在地下密室与二人展开战斗，艾莉丝单独与杰曼交锋期间宝剑力量被激发引起爆炸，导致艾莉丝被杀而杰曼受重创，亚诺随即将之刺杀并把艾莉丝尸首带走葬在德拉瑟尔家族墓园。
1808年 管有伊甸之剑并晋升为刺客大师的的亚诺与成为法国皇帝的拿破仑回到圣殿塔地下密室，把杰曼的遗骸藏在巴黎地下墓穴中。
第六代————雅各布·弗赖伊（男主）/伊薇·弗莱（女主）
1868年，英国刺客组织已近灭绝，首都伦敦被圣殿骑士团和黑帮组织“暴徒帮”全面控制。刺客姐弟雅各和伊薇于克劳利各自刺杀了骑士团工业家卢波特·费里斯与科学家大卫·布鲁斯特后前往伦敦，在印籍刺客亨利·葛林安排下按各自的方式解放城市：雅各欲成立帮派“黑鸦帮”对抗暴徒帮和刺杀各骑士团要员；伊薇则欲找寻先父追寻的伊甸碎片。
雅各先后刺杀医生约翰·艾略森、交通公司总裁珀尔·爱德威、银行家菲利普·两便士、英国陆军军官詹姆士·布鲁内尔、以及暴徒帮首领麦斯威尔·罗斯；同时伊薇从骑士团夺回的文件发现该伊甸碎片乃赋予持有者复原能力之“伊甸圣裹布”，被藏于白金汉宫地下一密室中，追查过程中除刺杀了圣殿骑士团要员露西·梭恩亦纠正了雅各在其刺杀行动中无意造成的社会问题。
雅各和伊薇因不满各自行动后造成的结果而争吵，在接获亨利报告圣殿骑士团大团长克罗佛特·史塔瑞将前往皇宫夺取圣裹布后决定作最后一次合作并一同潜进皇宫，但史塔瑞抢先到达密室取得圣裹布并因而拥有迅速治愈伤口的能力，雅各和伊薇合力击杀史塔瑞后把圣裹布留在密室内并决定往后继续合作，事后获维多利亚女王封爵。
现代刺客组织前往密室后发现现代圣殿骑士团已捷足先登，尽管进行伏击仍无法阻止骑士团把圣裹布带走；刺客从Abstergo电脑取得之视讯显示骑士团欲以圣裹布使第一文明成员复活；藏身于Abstergo网络内之第一文明成员朱诺于幕后操纵现代圣殿骑士团，并透露将利用圣裹布拯救人类。
神话三部曲的到来
第七代————巴耶克（刺客的开始）
2017年，Abstergo的员工蕾拉·哈桑被指派到埃及，她在那里发现了一具木乃伊，并利用自己开发的便携式Animus开始回溯该具木乃伊的记忆——
在公元前49年，统治埃及的克丽欧佩特拉七世与托勒密十三世之间发生了战争，时局动荡不安。同时，法老的守护者已经失去了原来的作用，最后的守护者巴耶克仍执行着家族历代以来的传统，守护着埃及与阿蒙的神殿。
可是在某日，五名戴着假面的男子挟持了巴耶克的儿子卡慕，胁迫他说出阿蒙神殿的宝物库的开启方式，否则就要杀害卡慕，但巴耶克即使说出自己真的不知道开启宝物库的方法，卡慕仍惨遭面具男子的杀害。儿子遇害后，巴耶克立誓复仇，踏上了追寻这些面具男子们的复仇旅程，并因此卷入了为了争夺埃及支配权的克丽欧佩特拉与托勒密十三世，以及来自罗马的盖乌斯·尤利乌斯·凯撒三者混乱的政治斗争之中。
第八代————女性主角Kassandra（翻译为卡珊卓或者卡珊德拉）/男性主角Alexios（翻译为亚历克西欧斯或亚克修斯）
主角为斯巴达国王列奥尼达一世的后裔，游戏中为一名雇佣兵。她/他继承了国王的“列奥尼达斯断矛”，而现代线的女主角正是透过这个矛来作为附身的触媒操控主角，这名佣兵借此拥有了全希腊世界最强大的战斗能力。本作是刺客信条系列中第一次在男女双主角的游戏中以女性为第一主角的游戏，即使选用男性作为主角，从各种剧情细节、对话、人物动作中仍然可以看出其剧情是以卡珊卓为原始模板设计的；不仅如此，还能进行同性的恋爱甚至性关系
第九代————艾沃尔（男/女主：可怕的政治正确）
主角艾沃尔一开始是在挪威山地村落的一名短发女孩，在家人被隔壁部落屠村之时幸免于难，逃命过程中被狼袭击，导致幕后操纵她的现代线女主蕾拉·哈桑使用的Animus系统产生混乱，另外一个数据流入，让玩家也能使用男性艾沃尔进行游戏。主角长大后作为挪威小国的王子义妹而存在，因其故事而获得“狼吻者”的名号。
公元873年，因为其侍奉的义兄西格德被挪威国王金发哈拉尔革除王位继承权，所以西格德决定在英格兰建立新的国度、自封为王，艾沃尔随着一群维京同伴从挪威浩浩荡荡的来到盎格鲁-撒克逊人所统治的英格兰地区。艾沃尔刚到英国时只是忠心耿耿的履行自己的职责，不过随着剧情的推进，主角的名望迅速反超其主人，成为该维京国度的真正的掌权领袖“黑鸦饲主”。在接下来数年内，艾沃尔和维京异教徒大军一同保卫新家园、抵抗盎格鲁-撒克逊诸国。艾沃尔也是在此时加入“无形者集团”，和他们一起抵抗力量强大的敌人——上古维序者。上古维序者学识之主“主父”韦赛克斯国王阿尔弗雷德大帝也在游戏中登场。
第十代————巴辛姆·伊本·伊沙克（《刺客信条：幻景》口碑并不算好，可以选择性试玩）
前作《刺客信条：英灵殿》配角巴辛姆·伊本·伊沙克（Basim Ibn Ishaq）为本作主角，游戏设定于伊斯兰黄金时代的阿拔斯王朝巴格达，并且会包括刺客组织的基地阿剌模忒堡，玩法上则会重新引入系列的许多标志性特点，如线性故事和潜行类游戏系统。